中華醫(yī)學(xué)圖書情報(bào)雜志2013年7月第22卷第7期 Chin J Med Libr Inf Sci,Vol.22No.7July,2013DOl:10.3969/j.isn.l671-3982.2013.07.001綜述醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)及其應(yīng)用蘇玉召[摘要]介紹了醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)及醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)系統(tǒng),重點(diǎn)論逑了醫(yī)學(xué)教據(jù)挖掘,諸如 RIMS-P規(guī)則挖掘工具、 PubGene關(guān)聯(lián)分析系統(tǒng)、數(shù)據(jù)分析及知識關(guān)聯(lián)服務(wù)等應(yīng)關(guān)鍵詞]醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù);醫(yī)學(xué)教據(jù)挖掘;數(shù)據(jù)共享;嵌λ式集成服務(wù);知識關(guān)聯(lián)服務(wù)[中圖分類號]R-058;R197.323[文獻(xiàn)標(biāo)志碼]A[文章編號]1671-3982(2013)07-001-03Medical data and their application a reviewSU Yu-zhaoHenan Engineering College, Zhengzhou 451191, Henan Province, ChinaL Abstract Medical data and medial data system were described with stress laid on mining of medical data and applica-tion of medical data in RLIMS-P rules mining tool, PubGene -associated analysis system, data analysis and knowledgeassociated service. etcI Key words Medical data; Mining of medical data; Data sharing; Embedded integration service; Knowledge-associatec計(jì)算機(jī)在醫(yī)療系統(tǒng)的廣泛應(yīng)用,產(chǎn)生了大量醫(yī)標(biāo)是支持醫(yī)院的行政管理與事務(wù)處理,減輕醫(yī)護(hù)人學(xué)數(shù)據(jù)。醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)對疾病的診斷、治療和硏究非常員的勞動(dòng)強(qiáng)度,輔助醫(yī)院管理,輔助高層領(lǐng)導(dǎo)決策,有價(jià)值,可創(chuàng)建病史記錄基礎(chǔ)、支持提供者之間的交提高醫(yī)院的工作效率。流、預(yù)測未來健康問題、記錄標(biāo)準(zhǔn)預(yù)防措施、認(rèn)識與健康醫(yī)療信息系統(tǒng)( Healthcare information system,預(yù)期趨勢的偏差、提供法律記錄和支持臨床研究。HCIS)的目的是有效提高專業(yè)醫(yī)療保健人員工作效1醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)系統(tǒng)率和醫(yī)療保健質(zhì)量及患者滿意度,其主要功能包括1.1醫(yī)院信息系統(tǒng)患者管理及賬單管理、部門管理、提供醫(yī)療及臨床文醫(yī)院信息系統(tǒng)(HS)包括行政管理系統(tǒng)、醫(yī)療檔、臨床決策支持和財(cái)務(wù)及資源管理5個(gè)方面。管理系統(tǒng)、決策支撐系統(tǒng)和各種輔助系統(tǒng),其主要目1.2電子健康記錄系統(tǒng)電子健康記錄( electronic health record,EHR)基金項(xiàng)目]本文系2013年度河南省教育廳科學(xué)技術(shù)研究重點(diǎn)項(xiàng)目指以電子形式保存和維護(hù)的、可供多個(gè)合法用戶同云計(jì)算環(huán)境下高教資源定制服務(wù)用戶建模集成系統(tǒng)研時(shí)使用的個(gè)人健康狀況和醫(yī)療保健信息的集合,分究(31139,河南工程學(xué)院牌土基金資助項(xiàng)目”,為個(gè)人健康記錄(PHR)、電子醫(yī)療記錄(EMR)和患2013年度河南省社科聯(lián)、河南省經(jīng)團(tuán)聯(lián)調(diào)研課題“加快城鄉(xiāng)發(fā)展一體化進(jìn)程,推動(dòng)新型農(nóng)村社區(qū)健康”(SKL者中國煤化工013-3010)、“融合物聯(lián)網(wǎng)云平臺(tái)的智慧鄭州研究”1.3CNMHG(SKL-2013-605)的研究成果之為了管理快速增加的醫(yī)學(xué)信息和數(shù)據(jù),建立了[作者單位]河南工程學(xué)院,河南鄭州451191很多獨(dú)立的數(shù)據(jù)庫。美國國立醫(yī)學(xué)圖書館(NM)研作者簡介蘇玉召(1975-),男,河南尉氏人,博士,講師,已發(fā)文10制的醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)分析與檢索系統(tǒng)”( Medical literature舟病數(shù)據(jù)Analysis and Retrieval System, MEDLARS)是目前國中華醫(yī)學(xué)圖書情報(bào)雜志2013年7月第22卷第7期 Chin J Med Libr Inf Sci,vo.22No.7July,2013際公認(rèn)的最完善的醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)檢索系統(tǒng),也是應(yīng)用最全的蛋白質(zhì)信息公共數(shù)據(jù)庫PTR( Protein Information為廣泛的大型聯(lián)機(jī)檢索系統(tǒng)。 MEDLARS由 Resource),并開發(fā)了從 PubMed中在線抽取蛋白質(zhì)MEDLINE、PQ和 TOXNET3個(gè)相對獨(dú)立的數(shù)據(jù)庫磷酸化信息的文本挖掘工具。 RLIMS-P的文獻(xiàn)抽子系統(tǒng)組成。取可達(dá)到91.4%的精確度和96.4%的召回率,在加州大學(xué)洛杉磯分校 Wesley等人開發(fā)的是面酶作用物和磷酸化位點(diǎn)的抽取上達(dá)到97.9%的精向特定情境醫(yī)學(xué)文本文檔檢索的基于知識的數(shù)字圖確度和88%的召回率6。書館2,目的是從特定的醫(yī)學(xué)信息文檔中檢索出具該項(xiàng)目提出的文本信息抽取方法能夠連接合并體的方案。這些特定文本文檔可是患者檔案、診斷在同一文本而不在同一語句的蛋白質(zhì)磷酸化的相關(guān)報(bào)告、文獻(xiàn)資料和通信簡報(bào)等形式,解決簡單信息檢信息,在對數(shù)據(jù)清洗、糾錯(cuò)、格式化之后,進(jìn)行文本數(shù)索面臨的3個(gè)難題。待檢術(shù)語是一個(gè)非標(biāo)準(zhǔn)的醫(yī)學(xué)據(jù)挖掘。結(jié)果顯示,這種方法可以顯著提高召回率詞匯,無法用自組織的方式有效地表示那些同義的而不影響精確度。詞語、詞組和類似概念,待檢術(shù)語與文檔中同義詞句2.3 PubGene關(guān)聯(lián)分析系統(tǒng)的匹配是錯(cuò)誤的。挪威科技大學(xué)、挪威腫瘤醫(yī)院和瑞典 Linkoping2醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)挖掘大學(xué)于2001年合作開發(fā)的 PubGene基因關(guān)聯(lián)網(wǎng)絡(luò)醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)挖掘能提高醫(yī)療服務(wù)質(zhì)量和醫(yī)院管理系統(tǒng)是一個(gè)人類基因文獻(xiàn)網(wǎng)絡(luò)系統(tǒng)水平,具有廣闊的應(yīng)用前景。醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)挖掘面向該系統(tǒng)從 MEDLINE文摘中自動(dòng)抽取基因之間整個(gè)醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫或醫(yī)學(xué)信息集合提供知識和決策,的關(guān)系網(wǎng)絡(luò),結(jié)合 Gene ontology中對單個(gè)基因表達(dá)是醫(yī)療決策支持系統(tǒng)的重要組成部分。數(shù)據(jù)挖掘技的注釋,揭示基因與蛋白質(zhì)、疾病、細(xì)胞過程、功能術(shù)還可用于醫(yī)療政策分析、醫(yī)療衛(wèi)生保健、醫(yī)療資源突變、細(xì)胞成分以及藥物之間的關(guān)系。該項(xiàng)目從基因利用評價(jià)、藥物毒理和副作用的發(fā)現(xiàn)、衛(wèi)生經(jīng)濟(jì)評價(jià)之間的生物學(xué)關(guān)系和基因與疾病的關(guān)系入手,與蛋白等方面。同時(shí),隨著理論研究和實(shí)踐的深入,醫(yī)學(xué)數(shù)質(zhì)相互作用數(shù)據(jù)庫( Database of Interacting proteins,據(jù)挖掘在疾病的診斷和治療、醫(yī)學(xué)科研與教學(xué)以及DP)、在線人類孟德爾遺傳(OMM)進(jìn)行比較,在隨醫(yī)院管理等方面將發(fā)揮巨大的作用。機(jī)抽樣的基因?qū)χ?與DP吻合的基因?qū)φ?1%2.1杜克大學(xué)孕產(chǎn)預(yù)測數(shù)據(jù)挖掘項(xiàng)目(抽樣171種基因),與OMIM吻合的占45%(抽樣P' rather及其同事利用數(shù)據(jù)挖掘技術(shù)對杜克大6404種)。在與淋巴細(xì)胞關(guān)系最密切的50種基因?qū)W醫(yī)學(xué)中心醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)倉庫進(jìn)行了研究,數(shù)據(jù)來源于中, PubGene發(fā)現(xiàn)了其中的21種。該系統(tǒng)利用聚杜克大學(xué)醫(yī)學(xué)中心圍產(chǎn)保健數(shù)據(jù)庫中分離出來的類、分類、關(guān)聯(lián)規(guī)則、共詞分析以及統(tǒng)計(jì)學(xué)的方法來45000多條電子醫(yī)學(xué)記錄。他們把這些記錄放進(jìn)研尋找與某特定基因有生物學(xué)關(guān)系的其他基因,從中究的關(guān)系數(shù)據(jù)庫進(jìn)行基本分析及對數(shù)據(jù)倉庫的多個(gè)不僅可以獲得與某一基因相關(guān)聯(lián)的基因關(guān)系網(wǎng)絡(luò)查詢條件限定后創(chuàng)建了3902個(gè)患者的數(shù)據(jù)集。該圖,還能查閱到該基因所影響的生物學(xué)過程。項(xiàng)研究結(jié)果證明,醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)挖掘技術(shù)能夠從患者的2.4 Chilibot醫(yī)學(xué)文本挖掘工具醫(yī)學(xué)電子記錄提供的事實(shí)數(shù)據(jù)中進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析,預(yù)在美國公共衛(wèi)生署和田納西州大學(xué)腦神經(jīng)疾病測可能增加孕婦早產(chǎn)風(fēng)險(xiǎn)的因素。研究中心的資助下,美國田納西州大學(xué)健康科學(xué)中2.2RLMS-P規(guī)則挖掘工具心藥理學(xué)系 Hao Chen和 Burt M Sharp合作開發(fā)了美國 Georgetown大學(xué)醫(yī)學(xué)院與 Delaware大學(xué)、個(gè)中國煤化工 are robot, Chilibot)Anna大學(xué)合作開發(fā)的 RLIMS-P是基于規(guī)則的抽取從CNMHG其中存在的科學(xué)關(guān)聯(lián)蛋白質(zhì)磷酸化信息的系統(tǒng),是抽取蛋白質(zhì)磷酸化并把這些聯(lián)系用圖形表現(xiàn)出來。 Chilibot數(shù)據(jù)主要來信息的在線文獻(xiàn)挖掘工具源于美國國立醫(yī)學(xué)圖書館的 PubMed,此外還連接在線該項(xiàng)目的主要目標(biāo)是從MEDⅠNE數(shù)據(jù)庫中抽取人類孟德爾遺傳數(shù)據(jù)庫( Online mendelian inheritance與蛋白質(zhì)酸粞關(guān)的信息,目前已建成國際最大最mMmn,OMM)、位點(diǎn)連接數(shù)據(jù)庫( Locuslink)、基因組中華醫(yī)學(xué)圖書情報(bào)雜志2013年7月第22卷第7期 Chin J Med Libr Inf Sci,Vol.22No.7July,2013數(shù)據(jù)庫( Genome database)等。在對這些數(shù)據(jù)庫文CDR并不是單純將不同數(shù)據(jù)源數(shù)據(jù)整合起來獻(xiàn)的相關(guān)記錄進(jìn)行語義分析的基礎(chǔ)上,構(gòu)建了基因、提供跨庫檢索,而是對集成數(shù)據(jù)做進(jìn)一步的抽取和蛋白質(zhì)、藥物和生物概念之間內(nèi)容豐富的關(guān)系網(wǎng)絡(luò)。關(guān)聯(lián)及相應(yīng)分析,并以統(tǒng)計(jì)報(bào)表的方式將用戶關(guān)注Chilibot系統(tǒng)為我們免費(fèi)利用在線數(shù)據(jù)庫資源提供對象的各種屬性及其關(guān)系呈示給用戶,幫助用戶全了有益的借鑒。面認(rèn)識關(guān)注對象及在此基礎(chǔ)上進(jìn)行更深入的分析。3醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)應(yīng)用服務(wù)3.3基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)和科學(xué)數(shù)據(jù)整合服務(wù)為更好滿足用戶需要,醫(yī)學(xué)信息服務(wù)朝著提供中國“國家人口與健康科學(xué)數(shù)據(jù)共享平臺(tái)”是集成化、一體化、關(guān)聯(lián)化的深度信息服務(wù)方向發(fā)展國家科技基礎(chǔ)條件平臺(tái)科學(xué)數(shù)據(jù)共享的重大項(xiàng)31嵌入式集成服務(wù)目3,其目標(biāo)是建立一個(gè)物理上分布、邏輯上高度醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)平臺(tái)嵌入式集成服務(wù)技術(shù)的代表是英統(tǒng)一的醫(yī)藥衛(wèi)生科學(xué)數(shù)據(jù)管理與共享服務(wù)系統(tǒng),為國國家衛(wèi)生圖書館( The UK National Library for政府衛(wèi)生決策、科技創(chuàng)新、醫(yī)療保健、人才培養(yǎng)、百姓Health,NIH),其目標(biāo)是為英國NH( The uK national健康和企業(yè)發(fā)展提供數(shù)據(jù)共享和信息服務(wù)。該項(xiàng)目Health service)的醫(yī)學(xué)研究人員、學(xué)生、臨床醫(yī)生和的特點(diǎn)是基礎(chǔ)與臨床結(jié)合、預(yù)防與治療結(jié)合、中西醫(yī)患者等用戶提供醫(yī)學(xué)知識,除提供跨庫集成檢索等結(jié)合、軍民結(jié)合數(shù)字圖書館服務(wù)以外,還提供一種以證據(jù)為基礎(chǔ)的該平臺(tái)依托權(quán)威的研究和數(shù)據(jù)管理機(jī)構(gòu),建立循證醫(yī)學(xué)服務(wù)( eidence- based healthcare)。這項(xiàng)服了4個(gè)科學(xué)數(shù)據(jù)物理中心,每個(gè)物理中心都獨(dú)立于務(wù)分3個(gè)步驟。一是合成( Synthesize),以圖書館可業(yè)務(wù)系統(tǒng)之外。已經(jīng)啟動(dòng)的4個(gè)數(shù)據(jù)中心及其依托以訪問的數(shù)據(jù)資源為基礎(chǔ),通過跨庫檢索、信息抽取單位如下:隸屬于中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院基礎(chǔ)所的基礎(chǔ)醫(yī)將來自不同數(shù)據(jù)源的信息組成一個(gè)整體;二是專門學(xué)科學(xué)數(shù)據(jù)中心,隸屬于解放軍總醫(yī)院、協(xié)和醫(yī)院的化( Specialize),根據(jù)用戶需求選擇、提取適當(dāng)知識,臨床醫(yī)學(xué)科學(xué)數(shù)據(jù)中心,隸屬于中國疾病預(yù)防控制為特定用戶服務(wù);三是移動(dòng)( Mobilize),將上述知識中心的公共衛(wèi)生科學(xué)數(shù)據(jù)中心,隸屬于中國中醫(yī)研嵌入到用戶桌面,通過技術(shù)手段將相關(guān)知識嵌入用究院的中醫(yī)藥學(xué)科學(xué)數(shù)據(jù)中心。戶的wod系統(tǒng)、電子郵件系統(tǒng)以及 Map of Medicine3.4基于數(shù)據(jù)分析的個(gè)性化服務(wù)(NHS的一個(gè)服務(wù)系統(tǒng))。這項(xiàng)服務(wù)的特點(diǎn)是圍繞英國國家衛(wèi)生服務(wù)(NHS)網(wǎng)站為注冊用戶提用戶的工作流程建立服務(wù),而不是圍繞圖書館期望供的個(gè)性化服務(wù)包括本地服務(wù)、個(gè)人興趣、個(gè)人信的工作流程建立服務(wù)。本地用戶可以使用本地組裝息、定制的個(gè)人頁面、賬戶信息。本地服務(wù)通過的資源,并且把信息資源嵌入到用戶環(huán)境中。收集用戶信息,向其提供最便捷的醫(yī)院、醫(yī)生診所、3.2數(shù)據(jù)分析及知識關(guān)聯(lián)服務(wù)藥房及其他個(gè)性化推薦服務(wù);通過收集用戶個(gè)人感美國弗吉尼亞大學(xué)開放的臨床數(shù)據(jù)知識庫興趣的及時(shí)更新的新聞、關(guān)注的健康知識及個(gè)人閱( clinical data repository,CDR),不僅支持一般性臨讀愛好,為其提供感興趣的健康知識和新聞;通過搜床數(shù)據(jù)的檢索還支持對臨床數(shù)據(jù)的聯(lián)機(jī)分析與關(guān)集注冊用戶的年齡、身高、體重等信息,為用戶推薦聯(lián)。CDR的數(shù)據(jù)主要來源于共享醫(yī)學(xué)系統(tǒng)更合適的醫(yī)院、醫(yī)生、健康新聞和知識,并能夠通過( Shared Medical Systems)的住院病人和門診病人的離線狀態(tài)進(jìn)行電話聯(lián)系;定制的個(gè)人信息能夠保存數(shù)據(jù)、IX計(jì)費(fèi)系統(tǒng)( IDX billing system)的病人及其歷史訪問記錄;此外還提供個(gè)人賬戶管理功能,用戶診斷治療數(shù)據(jù)、 SunQuest實(shí)驗(yàn)系統(tǒng)的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)、胸外能中國煤化工科協(xié)會(huì)( Society of Thoracic Surgeons)的心臟手術(shù)案CNMHG物醫(yī)學(xué)搜索引擎。例數(shù)據(jù)和弗吉尼亞州衛(wèi)生部的死亡登記數(shù)據(jù)。此該網(wǎng)站主要通過系統(tǒng)收集用戶的數(shù)據(jù),包括注冊用外,CDR還允許用戶指定其他的數(shù)據(jù),如微生物實(shí)戶的NCB能夠保存搜索的數(shù)據(jù)(搜索、集合、書目、驗(yàn)數(shù)據(jù)、出院描述數(shù)據(jù)、腫瘤登記資料等。這些數(shù)據(jù)最近的活動(dòng))統(tǒng)一整合到在矜幫的數(shù)據(jù)模型中。(下轉(zhuǎn)第17頁)中華醫(yī)學(xué)圖書情報(bào)雜志2013年月第22卷第 Chin J Med Libr Inf Sci,ⅤVol.22No.7July,20l3[8]李友元,楊宇,鄧紅波.黃精煎液對衰老小鼠組織端粒酶活性的[21]王捍國,肖明振,趙守亮,等.cMye激活人成牙本質(zhì)細(xì)胞樣細(xì)影響[J].華中醫(yī)學(xué)雜志,2002,26(4):25-225,230端粒酶的實(shí)驗(yàn)研究[J.口腔醫(yī)學(xué)研究2003,19(2):88-919]李友元,成威,鄧洪波,等,黃精多糖對App轉(zhuǎn)基因小鼠大腦[22]王捍國,肖明振,趙守亮 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