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ChemDraw 的使用方法(一)

時(shí)間:2020-06-07 來源:網(wǎng)絡(luò) 瀏覽:

ChemOffice作為有機(jī)化學(xué)常用的工具,包括在對(duì)于反應(yīng)的進(jìn)程、反應(yīng)機(jī)理、特定有機(jī)化合物的性質(zhì)(核磁氫譜、核磁碳譜、酸性、親水性等性質(zhì))主要是由ChemDraw完成的。包括對(duì)于有機(jī)物空間結(jié)構(gòu)的建立、特定簡(jiǎn)單力場(chǎng)下(分子動(dòng)力學(xué)、光譜信息[紫外光譜、拉曼光譜]的模擬、核磁氫譜的模擬、最低能量態(tài)的鍵搜尋(單鍵、雙鍵)等)主要是由Chem3D完成。包括對(duì)于已知有機(jī)化合物的搜尋、已知反應(yīng)的檢索(特定檢索反應(yīng)物、生成物、催化劑、溶劑體系等)主要是由ChemFind完成。本篇文章主要講述ChemDraw的使用方法(以ChemDraw 18.0為例),同時(shí)以在文獻(xiàn)中經(jīng)常出現(xiàn)的工作為例進(jìn)行重復(fù)。[10篇文章]

ChemDraw 的使用方法

圖 1.ChemDraw的工作頁面

具體菜單欄就不進(jìn)行一一介紹了,直接開始講應(yīng)用。

· 應(yīng)用一:反應(yīng)的書寫

事實(shí)上在每一篇涉及到有機(jī)合成的文章中,都會(huì)選擇使用ChemDraw。比如說最近出來的一篇關(guān)于“2,3-取代基喹啉在膦-酰胺配體催化劑非對(duì)映和不對(duì)稱選擇加氫”的文章中,對(duì)于反應(yīng)式的書寫如下:

ChemDraw 的使用方法

圖 2.原文圖片(1)

可以看到,文章中的化學(xué)式有著極好的整潔和對(duì)稱,這就需要我們選擇調(diào)用view菜單下Show Crosshair(也可以直接選擇Ctrl+H),對(duì)于書寫工整有著極好的幫助:

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圖 3.實(shí)際操作(1)

在這里有些同學(xué)會(huì)問吡啶基怎么加的?或者R1、R2、R3是怎么加的?事實(shí)上這些操作都很簡(jiǎn)單,只需要找到功能欄的 “A” 符號(hào)(如圖 3所示),直接用輸入法輸入“雜原子(N、O、S等)、金屬原子等”即可,注:不可直接輸入取代基。

可能又有同學(xué)問了,在這里化學(xué)式占整個(gè)紙張的比重非常大,存在寫不開的尷尬境地。這里就需要完成兩個(gè)操作(任選其一就行):

(1)修改化學(xué)式的大?。ㄈ鐖D 4選中化學(xué)式,右鍵scale對(duì)比例進(jìn)行設(shè)置,再次修改比例會(huì)在原先修改的基礎(chǔ)上累加)

(2)修改紙張大?。ㄟx擇File下Document Setting,對(duì)Document Size進(jìn)行修改,即可修改紙張大小)

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圖 4.實(shí)際操作(2)

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圖 5.修改分子式大小

完成了上述準(zhǔn)備階段,我們可以繼續(xù)書寫方程式了。

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圖 5.實(shí)際操作(3)

在寫到反應(yīng)條件時(shí),可以看到,我們輸入[Ir(COD)Cl]2時(shí)會(huì)出現(xiàn)錯(cuò)誤提示,只需要把View下Show Chemical Warning取消掉即可(值得說一下,Show Chemical Warning針對(duì)反應(yīng)式正視圖錯(cuò)誤、文本錯(cuò)誤可以進(jìn)行突出顯示,提醒修改)。

另一方面,針對(duì)于數(shù)字下標(biāo)問題,只需要對(duì)所選數(shù)字右擊鼠標(biāo),選擇Style下Subscript即可(快捷鍵F9),如果需要數(shù)字上標(biāo),只需要在Style下Superscript即可(快捷鍵F10),如果什么都不用只需要在中間,選擇Formula(快捷鍵Ctrl+F)。

除了上述兩個(gè)問題,對(duì)于文本字號(hào)設(shè)置,也是對(duì)于美觀的一個(gè)重要體現(xiàn),只需要選中文本,右鍵size下即可修改字號(hào)。

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圖 6.實(shí)際操作(4)

對(duì)于橡皮的使用,可以擦掉雙鍵中的單鍵,如果需要整個(gè)分子刪除,可以選中整個(gè)分子,按下鍵盤上的“Delete”鍵即可。

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圖 7.實(shí)際操作(5)

對(duì)于鍵顏色的選擇,可以選中化學(xué)鍵,直接在菜單欄color中找到自己喜歡的顏色即可。

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圖 8.實(shí)際操作(6)

· 應(yīng)用二:化合物性質(zhì)情況的描述

以上一次的催化劑為例,進(jìn)行對(duì)于(系統(tǒng)命名、性質(zhì)(親水性、酸性)、核磁氫譜、核磁碳譜的描述)

對(duì)于系統(tǒng)命名,我們需要選中整個(gè)分子,選擇Structure下Convert Structure to Name(快捷鍵Alt+Ctrl+N)。

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圖 9.系統(tǒng)命名法

在對(duì)于其核磁信息進(jìn)行模擬的時(shí)候,我們?nèi)匀皇窃赟tructure下選擇H-NMR和C-NMR即可。

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圖 10.核磁共振氫譜的模擬

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圖 11.核磁共振碳譜的模擬

在這里需要注意一點(diǎn):模擬的核磁共振氫譜和碳譜都只存在指導(dǎo)作用,不能代表實(shí)際情況,在不同條件下(Linux、Win系統(tǒng))數(shù)據(jù)不同(已經(jīng)被證實(shí))。

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圖 12.相關(guān)參數(shù)的計(jì)算

選擇View下Show Chemical Properties Window,可以展示Pka、LogS等參數(shù),對(duì)溶液有一定的作用。

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